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国家重大科学研究计划是《国家中长期科学和技术发展规划纲要(2006-2020年)》部署的、引领未来发展、对科学和技术发展有很强带动作用的基础研究发展计划。十一五期间启动的重大科学研究计划包括蛋白质研究、量子调控、纳米、发育与生殖、全球变化、干细胞研究等6个领域。