重大专项的实施，根据国家发展需要和实施条件的成熟程度，逐项论证启动。同时，根据国家战略需求和发展形势的变化，对重大专项进行动态调整，分步实施。
重大专项的组织实施将注重与国家重大工程的结合，与国家科技计划的安排协调互动。充分发挥市场配置资源的基础性作用，在确保中央财政投入的同时，形成多元化的投入机制，突出企业在技术创新中的主体作用，对于具有明确产品和工程目标的专项任务，主要由企业牵头实施。建立责权统一的责任机制，按照谁牵头谁负责的原则，加强监督，确保实效。集成各方面的力量和资源，广泛调动科技界、企业界、经济界等各方面的积极性，突破事关国计民生和国家安全的重大关键技术，着力培育具有自主知识产权的战略产业，有效提升我国核心竞争力和国际地位。
重大专项的组织实施由国务院统一领导，国家科技教育领导小组统筹、协调和指导。科技部作为国家主管科技工作的部门，会同发展改革委、财政部等有关部门，做好重大专项实施中的方案论证、综合平衡、评估验收和研究制定配套政策工作。
(1) 重大专项组织实施管理的原则
1．明确目标，突出重点。重大专项围绕国民经济和社会发展的关键领域和重大问题，强调坚持自主创新，突出重点，力争实现有限目标。
2．创新机制，统筹资源。集成和优化配置全社会科技资源，深化体制改革，充分发挥部门、地方、企业、研究机构和高等院校等各方面积极性，加强科技大协作和优势科技资源的有效整合，促进各类创新要素向企业集聚。
3．明确权责，规范管理。在重大专项实施方案制定、启动实施、监督管理、验收和成果应用等各个环节，坚持科学、民主决策，建立健全权责明确的管理制度和机制。
4．定期评估，注重成效。建立健全重大专项监督评估与动态调整机制，对重大专项的执行情况与成效进行跟踪检查。
5．注重人才，创造环境。结合重大专项的实施，培养和凝聚一批高水平创新、创业、创优人才，形成一支产学研结合、创新能力强的科技队伍，完善有利于重大专项实施的配套政策和良好环境。
(2) 重大专项组织管理与职责
科技部会同发展改革委、财政部（简称三部门），建立三部门工作机制，研究解决重大专项组织实施中的重大问题，各司其职，共同推动重大专项的组织实施管理。
1．科技部职责：负责协调重大专项与科技计划的衔接；牵头组织研究制订重大专项实施相关的科技配套政策；汇总重大专项各类信息，提出信息汇总的统一要求；向国家科技教育领导小组、国务院汇报年度工作计划、年度执行情况；对重大专项实施方案或实施计划相关内容的调整进行备案；承担重大专项日常组织协调和联络沟通工作等。
2．发展改革委职责：牵头组织研究制订重大专项组织实施中的相关产业配套政策；负责协调重大专项与国家重大工程的衔接等。
3．财政部职责：负责研究制订重大专项相关财税配套政策；负责提出重大专项经费预算编制的要求，审核并批复重大专项年度经费预算；负责重大专项资金使用监管；对专项实施中的预算调整进行审核；提出重大专项与相关财政专项投入的衔接要求等。
4．重大专项领导小组：对专项组织实施负有领导责任。要加强与三部门的协调与沟通。要加强领导小组成员之间的协调与沟通，重大问题需经专项领导小组成员单位共同协商确定。
5．重大专项牵头组织单位：在专项领导小组的领导下，负责重大专项的具体组织实施，是保证重大专项顺利组织实施并完成预期目标的责任主体。同一专项的不同牵头组织单位之间应当加强沟通、协调与配合。
6．重大专项总体组：各重大专项组建专项总体组，明确技术总师，专项总体组是专项实施的技术责任主体，配合专项实施管理办公室做好专项的具体组织实施工作。技术总师全面负责专项总体组的工作，各专项可根据需要设技术副总师。
7．法人单位：重大专项任务的承担实行法人负责制，法人单位是项目（课题）实施的责任主体。法人单位要为项目（课题）的实施做好统筹协调和配套支撑条件的落实工作，严格执行重大专项有关管理规定，认真履行合同条款，接受指导、检查，并配合评估和验收工作。
8．地方政府：加强国家科技重大专项在地方的组织协调工作。在地方政府的统一领导下，根据地方的实际情况，建立科技、发展改革、财政及有关部门的协调机制，做好相关国家科技重大专项工作的统筹协调和配套支撑条件的落实工作；组织力量积极承担专项的研究开发任务；做好地方科技项目（专项）与国家科技重大专项的衔接配套；及时与专项领导小组、牵头组织单位进行联络沟通。
（3）重大专项组织实施管理流程
国家科技重大专项管理层次架构(见下图)
各重大专项的组织管理工作流程
在牵头组织单位的领导下，建立健全专项组织实施的行政和技术的组织管理体系；专项牵头组织单位会同有关单位成立专项实施管理办公室，作为行政管理组织，负责专项实施的日常工作；各专项成立专项总体组，设技术总师、副总师，作为技术管理组织，配合实施管理办公室组织专项实施，是专项组织实施的技术责任主体。
重大专项启动实施工作流程
