科技部“政府间合作项目”主要针对双边政府间已签订了各类科技合作协定（议）的国家，支持双方科学家通过所在国申请开展合作研究，由双边科技委员会定期召开评审会确定共同支助项目清单。此类项目一般以小额支助项目主要人员互访旅费为主。也有与加拿大、澳大利亚、新西兰等部分国家设立的中加、中澳、中新等特别合作基金，可通过国际科技合作计划配套支持相关项目研究经费。
部分主要项目如下：
n 中加（拿大联邦政府）科技合作基金
n 中加（拿大魁北克省）科技合作基金
n 中加（拿大BC省）科技合作基金
n 中澳（大利亚）科技合作特别资金项目
n 中法先进研究计划（PRA）
n 中新（西兰）科技合作基金
n 中英创新合作计划
n 中俄科技合作重点项目
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